水路在公路、铁路兴起之前是花桥镇传统的交通运输方式。清乾隆年间境内吴淞江段有渡口2处。船舶多为木制船，靠摇橹、撑篙、背牵、扯篷行驶。

　　1970年水泥船在各大队普及。1974年以柴油机为动力的挂机船普及。1994年，花桥镇有通航河道28条，总长102.56公里，主要航道有吴淞江（苏申内港线）、鸡鸣塘、大瓦浦、茅港河、徐公浦等；有机动船117艘，总载重量1480吨。1995年后由于公路运输的迅速发展，水运逐渐减少。1998年，撤销祁巷渡口，机动船基本消失。除吴淞江外，境内水路基本失去水上运输功能。2010年，花桥镇有码头4个，泊位6个，堆场51261平方米，岸线353延米。